全自动软水器的控制方式分为时间控制和流量控制两种。

        时间控制：适合于日供水量比较稳定的场所，当达到用户设定的再生时间自动启动再生过程，再生时间可以根据用户的需要自行设定在用水低峰时。该控制方式具有：控制方式简单、价格便宜、操作简单的特点。该系统主要用于硬度较低（4mmol/L)，用水稳定（用水波动量不超过15%），出水要求不高，用水量较小的情况下。

        流量控制：该设备的运行由流量计来计算流量。当达到水量设定时，自动启动再生。水量的设定值是根据交换器的工作交换当量值与进水硬度当量值计算而得的。该系统具有精确度高、出水稳定可靠，设有记忆功能，停电后不需要重新进行数值的设定。