反渗透水处理系统中最常见的故障一般为产水量变少、脱盐率下降、压降增大。造成这些故障的原因很多，以上三种故障或者其中之一在慢慢下降或压降增大，则可能是污垢或者水垢产生的现象，可以通过适当的清洗来解决问题。而突然或快速的性能下降，则表明水处理系统出了问题或者操作失当。发生了问题，要及时的解决，延误会导致反渗透膜不能恢复原有的性能，及时的发现问题处理好后还应当做好记录并保存。

        系统在运行时，当发现系统的脱盐率和产水量下降时，首先应该校正仪表，以避免因仪表原因而发生误判。这些仪表包括：电导率表、原水压力表、纯水压力表、浓水压力表、纯水流量计、浓水流量计等，其次要对记录的数据进行比对。系统在运行中会因为温度、回收率、使用年限和水通量发生的变化而引起系统的产水量和脱盐率的变化。这时需要对系统运行的数据进行计算，得到适时的数据，然后与初始的数据进行比较，确认系统有无故障。